UJI KUALITAS DNA METODE CHELEX-SAPONIN DARI SAMPEL FTA CARD

Abstract

ABSTRAK

Diabetes Melitus (DM) merupakan penyakit yang ditandai dengan kadar gula darah yang tinggi (hiperglikemia) akibat gangguan kerja insulin, gangguan insulin atau kombinasi keduanya. Studi Genomik DM di Indonesia khususnya di daerah pedalaman masih jarang dilaporkan karena kesulitan pengambilan sampel whole blood pasien DM. Saat ini, kartu FTA adalah alat yang sangat mudah untuk mengumpulkan, mengirim dan menyimpan sampel biologis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kualitas DNA yang diisolasi dari kartu FTA menggunakan metode Chelex-Saponin kemudian dilakukan analisis amplifikasi gen target yang berperan dalam DM menggunakan metode PCR. Sepuluh sampel kartu FTA pasien DM tipe 2 digunakan. Amplifikasi PCR menggunakan primer spesifik ABCC8, KCNJ11 dan TCF7L2. Hasil penelitian menunjukkan DNA genom berhasil diekstraksi dari kartu FTA untuk pasien DM tipe 2. Selanjutnya DNA dapat digunakan sebagai template untuk amplifikasi gen ABCC8 (100%), KCNJ11 (60%), dan TCF7L2 (40%). Penelitian ini dapat disimpulkan bahwa metode Chelex-saponin dapat diterapkan sebagai metode ekstraksi DNA sampel darah pada FTA cards pasien DM dan dilanjutkan dengan analisis genomik.

Keywords: FTA cards, Chelex-saponin, DM, PCR.

 

ABSTRACT

Diabetes Mellitus (DM) is a disease characterized by high blood sugar levels (hyperglycemia) due to insulin work disorders, insulin disorders or a combination of both. Genomic Study on DM in Indonesia, especially in the rural areas, is still rarely reported because of difficulties in whole blood patient DM sample collection. Currently, the FTA card is a very convenient tool for collecting, shipment and storage of biological samples. This study aims to determine the quality of DNA isolated from FTA cards using the Chelex-Saponin method and then amplification analysis of target genes that play a role in DM using the PCR method.  Ten samples of FTA cards of DM type 2 patient were used. PCR amplification was used with specific primers ABCC8, KCNJ11 and TCF7L2. Results of this stud showed DNA genome was successfully extracted from FTA cards for patient DM type 2.  Furthermore, DNA can be used as a template for amplification of genes ABCC8 (100%), KCNJ11 (60%), and TCF7L2 (40%). This study concludes that the Chelex-saponin method can be applied as a method for DNA extraction of blood samples on FTA cards of DM patients and continued to genomic analysis.

Keywords:  FTA cards, Chelex-saponin, DM, PCR.